柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：小林星兰 水树奈奈 松田飒水 远藤璃菜 小樱悦子 麻上洋子 花泽香菜 一龙斋贞友 寺杣昌纪 折笠富美子 小林由美子 小松未可子 田中诚人 高桥里枝 坂本恭平 伊东美弥子 野村麻衣子 清水春香 社本悠 龟谷理子 金鱼若菜 村上裕哉 北田理道 内藤有海 小松昌平 拜真之介 长谷川暖 伊吹优里安 设乐统 霍兰千秋 铃木杏树 药丸裕英 山寺宏一
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演员：大塚明夫 水谷优子 石井真 内海贤二 富田耕生 川濑晶子 小野凉子 佐藤佑子 小林清志 野泽那智 伊藤美纪 绪方惠美 柚木凉香 平山绫 青野武 有本钦隆 野上尤加奈 深见梨加 石井康嗣 江川央生 笹沼晃 丸山美纪 石垣佑磨 兵藤真子 百百麻子 川津泰彦 菅原淳一 三户耕三 小野大辅 菊丸文太 手冢千以子 阵内智则 大和田伸也 鹿贺丈史
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