第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：伊万娜·巴克罗 塞尔希·洛佩斯 玛丽维尔·贝尔杜 道格·琼斯 阿里亚德娜·希尔 亚历克斯·安克吕罗 曼诺罗·索洛 罗杰·卡萨马杰 伊万·马萨格 干沙路·乌里亚特 塞巴斯蒂安·哈罗 Mila Espiga Pepa Pedroche 查尼·马丁 米洛·塔波阿达 费尔南多·阿尔比祖 乔斯·路易斯·托里霍 因尼哥·加塞斯 费尔南多·提尔弗 费德里科·路皮 Eduardo Aránega Eusebio Lázaro Juanjo Cucalón Francisco Vidal Lina Mira César V
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演员：奥利弗·福德·戴维斯 Greg·Fitzpatrick 克里斯蒂昂·克拉维埃 罗伯特·格林尼斯特 凯尔希·格兰莫 让·雷诺 塔拉·雷德 马特·罗斯 马尔科姆·麦克道威尔 克里斯蒂娜·艾伯盖特 约翰·艾尔瓦德 理查德·布雷默 莫莉·皮瑞斯 罗斯·吉比 亚当·肖 乔治·普林普顿 布里吉特·威尔逊 卡尔·赖特 Lorenzo·Clemons Matthew·Sussman Lou·Meza Laura·Cox Sarah·Badel Peter·Janosi Jordan·Teplitz Joe·Martin
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