上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：帕斯·贝加 乔纳森·莱斯·梅耶斯 埃米尔·赫斯基 杰里米·皮文 玛丽亚·格拉齐亚·库奇诺塔 玛拉莱恩 马克·莱昂纳蒂 福图纳多 塞林诺 大卫·柯克·特雷勒 安娜加西亚 莱乔·瓦斯列夫 Marc Fiorini Paudge Behan Lee Levi Owen Davis Martina Vachkova Donatella Pompadour
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